یکی از موارد استفاده از مگنتوتراپی تأثیر آن بر جوش خوردن شکستگی استخوان است. بافت استخوانی تا سن 35 سالگی تشکیل شده و پس از آن توده استخوانی کم کم شروع به کاهش می کند. عوامل تغذیه ای بخصوص دریافت کلسیم، سطح فعالیت های فیزیکی و فاکتورهای ژنتیک در این پروسه اهمیت دارند.

تأثیر مگنت تراپی بر تحریک استخوان سازی و استئوپلاست ها ثابت شده است. میدانهای مغناطیسی پالسی با تغییر پتانسیل غشای سلولی در اوستئوپلاستها باعث تحریک فعالیت آنها می شود. یکی از عوارض مهم در شکستگی استخوان، جوش نخوردن یا (Non Union) می باشد که احتمال آن با افزایش سن زیاد می شود. PMF باعث تسریع پروسۀ جوش خوردن استخوان و افزایش توده استخوانی (Bone Mass) می شود.
از موارد دیگر مگنتوتراپی می توان از کاربرد آن در درمان اوستئوپوروز و یا پوکی استخوان یاد کرد. امواج با فرکانس پائین الکترومگنتیک باعث القاء جریانهای الکتریکی در استخوان شده و تراکم استخوان را افزایش می دهند. همچنین امواج الکترومگنیک اثرات ثانوی دیگری نیز دارد که در حفظ ساختار استخوان بطور غیر مستقیم نقش عمده ای دارند.